A atuação da Fenajud é voltada à representação político-institucional dos sindicatos junto ao Congresso Nacional, Supremo Tribunal Federal, Conselho Nacional de Justiça e demais órgãos superiores.
A Federação participa de conselhos, comitês, órgãos de discussão e acompanhamento de políticas públicas junto ao Congresso Nacional. No Senado Federal e Câmara dos Deputados, a Federação acompanha sistematicamente a pauta de votações, intervindo no processo legislativo daquelas matérias que causam impacto aos trabalhadores do judiciário estadual, onde realiza articulação política junto aos parlamentares por meio da participação em audiências públicas, reuniões e mobilizações.
Por ser um dos seus objetivos, a Fenajud participa, ainda, de atividades e iniciativas nos demais Órgãos superiores na busca de solução para os problemas dos trabalhadores do Poder Judiciário, tendo em vista a melhoria de suas condições de trabalho e de vida, agindo na defesa de um serviço público democrático.